時に１９世紀――東南アジア。植物採集家のノアは、植物の根より記憶を辿ることができる「起源追想」という特殊能力を持つ。「起源追想」の最中、引き剥がすと精神を根に持って行かれ死んでしまう。そんな彼の助手兼護衛のラジャードは元海賊。海賊の護衛をしていたほどの剣の腕。二人はディーバ商会から植物採集の依頼を受ける。内容は、欧州にたった一輪の百合を探せ！？